Meginhlutverk Menntavísindastofnunar er að efla rannsóknir á Menntavísindasviði. Einnig að stuðla að sýnileika og miðlun rannsókna og vinna að starfsþróun á vettvangi menntamála. Umsjón með doktorsnámi Menntavísindasviðs er innan Menntavísindastofnunar.

Innan stofnunarinnar eru rannsóknastofur sem sinna rannsóknum á sviði menntavísinda. Stofnunin þjónar starfsfólki sviðsins, stofnunum, opinberum aðilum og félagasamtökum.